Attributes | Values |
---|
rdf:type
| |
rdfs:seeAlso
| |
Description
| - DNA undergoes conformational transitions which substantially change its biophysical and molecular biological properties. The mostly used method of research into DNA conformational transitions is CD spectroscopy, Which nevertheless is not suitable for mapping the transitions along segments of genomic DNA, as it provides a picture of the whole molecule behaviour. In this project we intend to develop two complementary methods based on the fact that UV-induced DNA damage is DNA conformation dependent. We will detect photoproducts via primer extension method, which gives information at single nucleotide resolution, but in segments of hundreds nucleotides only. To detect the transitions along kilobase DNA molecules, the fact that damaged DNA inhibits restrictases cleavage will be used. These methods will be applied to the research into the conformational in plasmid pUC19-preferentially for B-A transition and for negative and positive superhelicity induced transitions. (en)
- DNA vykazuje konformační přechody, které výrazně mění její biofyzikální a molekulárně biologické vlastnosti. Nejčastěji používanou metodou ke studiu konformačních přechodů v DNA je CD spektroskopie. Ta ale není vhodná pro mapování konformačních přechodů podél dlouhých úseků genomové DNA, protože poskytuje integrální obraz o chování celé molekuly. V tomto projektu chceme vyvinout dvě komplementární metody založené na skutečnosti, že poškození vyvolané na DNA UV světlem závisí na konformaci DNA. K detekci fotoproduktů využijeme metodu primer extension, která dává informace s nukleotidovým rozlišením, ale jen v úsecích o délce stovek nukleotidů. K detekci konformačních přechodů podél kilobázových molekul DNA využijeme skutečnost, že poškození DNA blokuje její štěpení restriktázami. Tyto metody využijeme ke studiu konformačních přechodů v molekule plasmidu pUC19. Přednostně se zaměříme na přechor B-A a na přechody indukované negativním a pozitivním nadšroubovicovým vinutím.
|
Title
| - Conformational Transitions in Plasmid DNA (en)
- Konformační přechody v plasmidové DNA
|
skos:notation
| |
http://linked.open...avai/cep/aktivita
| |
http://linked.open...kovaStatniPodpora
| |
http://linked.open...ep/celkoveNaklady
| |
http://linked.open...datumDodatniDoRIV
| |
http://linked.open...i/cep/druhSouteze
| |
http://linked.open...ep/duvernostUdaju
| |
http://linked.open.../cep/fazeProjektu
| |
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
| |
http://linked.open...hodnoceniProjektu
| |
http://linked.open...vai/cep/kategorie
| |
http://linked.open.../cep/klicovaSlova
| - conformational transitions; UV light; plasmid DNA; supercoiling; photoproducts; primer extension; restrictases; CD spectroscopy (en)
|
http://linked.open...ep/partnetrHlavni
| |
http://linked.open...inujicichPrijemcu
| |
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
| |
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
| |
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
| |
http://linked.open...enychVysledkuVRIV
| |
http://linked.open...okUkonceniPodpory
| |
http://linked.open...okZahajeniPodpory
| |
http://linked.open...iciPoslednihoRoku
| |
http://linked.open...atUdajeProjZameru
| |
http://linked.open.../vavai/cep/soutez
| |
http://linked.open...usZobrazovaneFaze
| |
http://linked.open...ai/cep/typPojektu
| |
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
| |
http://linked.open...jektu+dodavatelem
| - Byla vyvinuta dvojice komplementárních metod, detegujících poškození, které v DNA generuje ultrafialové světlo. Tyto metody byly využity ke studiu konformačních přechodů v plasmidové DNA a odvozeném fragmentu a jejich ovlivnění nadšroubovicovým vinutím. (cs)
- We have developed two complementary methods detecting UV light-induced damage in DNA. These methods were used for research into conformational transitions in plasmid DNA and its derived fragment, and the effect of supercoiling. (en)
|
http://linked.open...tniCyklusProjektu
| |
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo
| - UV light
- photoproducts
- plasmid DNA
- primer extension
- restrictases
- supercoiling
- conformational transitions
|
is http://linked.open...vavai/cep/projekt
of | |