About: Catalytic strategies of RNA and RNP enzymes studied by multi-scale computational approach

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Catalytic strategies of RNA and RNP enzymes studied by multi-scale computational approach Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GAP208/12/1878
Description	The non-coding RNAs play decisive roles in expression and regulation of genetic information. Among them catalytic RNAs (ribozymes) have high biological and biotechnological relevance. Still, more than a quarter-century after their discovery, the understanding of physical-chemistry of RNA catalysis lags behind that of proteins. The project suggests major step forward in physical-chemistry understanding of RNA catalysis, based on integrated application of state-of-the art computational tools, mainly large-scale classical and quantum-classical simulations. Applicability and limitations of the methodology will be established, including its tuning. Three crystallographically and biochemically best characterized small ribozymes, the hairpin, hepatitis delta virus and glmS ribozymes will be studied and complemented by study of protein CRISPR Csy4 endonuclease, which also catalyzes RNA self-cleavage. The interdisciplinary project will improve atomistic-resolution understanding of the RNA catalysis and contribute to the development of advanced computational tools to tackle RNA. (en) Nekódující RNA hrají zásadní úlohu při údržbě, regulaci a modifikaci genetické informace. Klíčovými molekulami jsou RNA enzymy (ribozymy), které mají významné biologické a biotechnologické funkce. Přesto více než čtvrt století po jejich objevu jsou znalosti o RNA katalýze nedostatečné ve srovnání s katalytickými bílkovinami. Projekt navrhuje výrazný krok vpřed ve fyzikálně-chemickém pochopení RNA katalýzy. Je založen na integrované aplikaci nejmodernějších počítačových metod, především masívní aplikaci klasických a kvantově-klasických simulací. Bude určena použitelnost a limitace metod, včetně jejich testování a adjustace. Studovány budou tři nejlépe krystalograficky a biochemicky charakterizované RNA enzymy, vlásenkový, HDV a glmS ribozym. Projekt dále zahrnuje CRISPR Csy4 endonukleázu, což je bílkovina, jež rovněž katalyzuje štěpení cukr-fosfátové páteře RNA. Tento interdisciplinární projekt bude mít podstatný přínos k základnímu pochopení fyzikální chemie RNA katalýzy na atomární úrovni a přispěje rovněž k vývoji moderních počítačových metod vhodných ke studiu RNA.
Title	Catalytic strategies of RNA and RNP enzymes studied by multi-scale computational approach (en) Katalytická strategie RNA a RNP enzymů studovaná širokým spektrem výpočetních metod
skos:notation	GAP208/12/1878
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP208%2F12%2F1878/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP208%2F12%2F1878/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-23 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100773184
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	RNA enzyme catalysis QM/MM quantum chemistry molecular dynamics (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	16 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	16 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-04-23 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P208-12-1878
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02012GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVB
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2016-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2012-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBB
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2012/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2012/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2013/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2013/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2014/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2014/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2015/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2015/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2016/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F12%2F1878/2016/orjk%3A15310

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 82 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software