Attributes | Values |
---|
rdf:type
| |
rdfs:seeAlso
| |
Description
| - The project will study important features of DNA molecules using state-of-the-art theoretical (computational) approaches: advanced quantum chemical (QM) calculations and explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations. The studied issues will include: In-depth QM characterization of the intrinsic stacking signatures of all ten unique B-DNA base pair steps, using conformational scans, experimental geometries and geometries derived by simulations, with the aim to understand relation between base stacking and B-DNA local conformational variations. These computations will be accompanied by microsecond-scale simulations of specific B-DNA oligomers, such as phased A-tracts. Prediction of intermediates in formation/folding of four-stranded DNA molecules (G-DNA and i-DNA) using MD simulations and free energy computations. Complete QM analysis of conformational space of the DNA sugar-phosphate backbone. MD analysis of structural dynamics and sequence-dependence of DNA four-way junctions. Besides substantially improving our basic knowledge about DNA structural dynamics, the project will also contribute to the development of methodology, for example by attempting to refine parameters for description of DNA backbone in the simulation force field. (en)
- Tento projekt bude zaměřen na studium důležitých vlastností molekul DNA, s použitím nejmodernějších teoretických (počítačových) přístupů: pokročilých kvantově chemických (QM) výpočtů a simulací molekulové dynamiky (MD) v explicitním solventu. Studovaná problematika bude zahrnovat: detailní QM charakterizaci signatur stacking interakcí všech deseti jedinečných dvojic párů bází B-DNA, s použitím konformačního prohledávání, experimentálních geometrií a geometrií získaných se simulací, s cílem porozumět vztahu mezi stackingem bází a lokálními konformačními variacemi v B-DNA. Tyto výpočty budou doplněny mikrosekundovými simulacemi specifických oligomerů B-DNA, jako jsou A-trakty. Projekt se dále bude zabývat predikcí intermediátů při formování čtyřřetězcových molekul DNA (G-DNA a i-DNA) s použitím simulací MD a výpočtů volné energie; kompletní QM analýzou konformačního prostoru cukr-fosfátové páteře DNA; MD analýzou strukturní dynamiky a sekvenční závislosti four-way junctions DNA. Kromě podstatného rozšíření našich základních znalostí o strukturní dynamice DNA bude projekt zahrnovat i vývoj metodiky, například vylepšení parametrů pro popis páteře DNA v empirických silových polích.
|
Title
| - Structure and dynamics of DNA. Advanced computational studies. (en)
- Struktura a dynamika DNA. Pokročilé počítačové studie.
|
skos:notation
| |
http://linked.open...avai/cep/aktivita
| |
http://linked.open...kovaStatniPodpora
| |
http://linked.open...ep/celkoveNaklady
| |
http://linked.open...datumDodatniDoRIV
| |
http://linked.open...i/cep/druhSouteze
| |
http://linked.open...ep/duvernostUdaju
| |
http://linked.open.../cep/fazeProjektu
| |
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
| |
http://linked.open...vai/cep/kategorie
| |
http://linked.open.../cep/klicovaSlova
| - DNA structure and function molecular dynamics quantum chemistry base pairs (en)
|
http://linked.open...ep/partnetrHlavni
| |
http://linked.open...inujicichPrijemcu
| |
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
| |
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
| |
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
| |
http://linked.open...enychVysledkuVRIV
| |
http://linked.open...lneniVMinulemRoce
| |
http://linked.open.../prideleniPodpory
| |
http://linked.open...iciPoslednihoRoku
| |
http://linked.open...atUdajeProjZameru
| |
http://linked.open.../vavai/cep/soutez
| |
http://linked.open...usZobrazovaneFaze
| |
http://linked.open...ai/cep/typPojektu
| |
http://linked.open...ep/ukonceniReseni
| |
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
| |
http://linked.open...ep/zahajeniReseni
| |
http://linked.open...tniCyklusProjektu
| |
is http://linked.open...vavai/cep/projekt
of | |