About: Structure and dynamics of DNA. Advanced computational studies.

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Structure and dynamics of DNA. Advanced computational studies. Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GAP208/11/1822
Description	The project will study important features of DNA molecules using state-of-the-art theoretical (computational) approaches: advanced quantum chemical (QM) calculations and explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations. The studied issues will include: In-depth QM characterization of the intrinsic stacking signatures of all ten unique B-DNA base pair steps, using conformational scans, experimental geometries and geometries derived by simulations, with the aim to understand relation between base stacking and B-DNA local conformational variations. These computations will be accompanied by microsecond-scale simulations of specific B-DNA oligomers, such as phased A-tracts. Prediction of intermediates in formation/folding of four-stranded DNA molecules (G-DNA and i-DNA) using MD simulations and free energy computations. Complete QM analysis of conformational space of the DNA sugar-phosphate backbone. MD analysis of structural dynamics and sequence-dependence of DNA four-way junctions. Besides substantially improving our basic knowledge about DNA structural dynamics, the project will also contribute to the development of methodology, for example by attempting to refine parameters for description of DNA backbone in the simulation force field. (en) Tento projekt bude zaměřen na studium důležitých vlastností molekul DNA, s použitím nejmodernějších teoretických (počítačových) přístupů: pokročilých kvantově chemických (QM) výpočtů a simulací molekulové dynamiky (MD) v explicitním solventu. Studovaná problematika bude zahrnovat: detailní QM charakterizaci signatur stacking interakcí všech deseti jedinečných dvojic párů bází B-DNA, s použitím konformačního prohledávání, experimentálních geometrií a geometrií získaných se simulací, s cílem porozumět vztahu mezi stackingem bází a lokálními konformačními variacemi v B-DNA. Tyto výpočty budou doplněny mikrosekundovými simulacemi specifických oligomerů B-DNA, jako jsou A-trakty. Projekt se dále bude zabývat predikcí intermediátů při formování čtyřřetězcových molekul DNA (G-DNA a i-DNA) s použitím simulací MD a výpočtů volné energie; kompletní QM analýzou konformačního prostoru cukr-fosfátové páteře DNA; MD analýzou strukturní dynamiky a sekvenční závislosti four-way junctions DNA. Kromě podstatného rozšíření našich základních znalostí o strukturní dynamice DNA bude projekt zahrnovat i vývoj metodiky, například vylepšení parametrů pro popis páteře DNA v empirických silových polích.
Title	Structure and dynamics of DNA. Advanced computational studies. (en) Struktura a dynamika DNA. Pokročilé počítačové studie.
skos:notation	GAP208/11/1822
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP208%2F11%2F1822/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP208%2F11%2F1822/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-23 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100784807
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA structure and function molecular dynamics quantum chemistry base pairs (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	26 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	26 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-03-31 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P208-11-1822
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02011GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2015-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika CE - Biochemie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2011-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBK
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F11%2F1822/2011/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F11%2F1822/2012/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F11%2F1822/2013/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F11%2F1822/2014/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP208%2F11%2F1822/2015/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 82 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software