About: Correlations and variations of nucleotide and short oligonucleotide distributions in the genome of Caenorhabditis elegans

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Correlations and variations of nucleotide and short oligonucleotide distributions in the genome of Caenorhabditis elegans Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA204/00/D012
Description	In this project we suggest to create software for variation and correlation analysis of nucleotide and short oligonucleotide distributions in genomes. This software will be applied to the genome of Caenorhabditis elegans. The variation analysis will distinguish the less informative oligonucleotides, whose distributions are not much different from distributions in random sequences, from those oligonucleotides whose distributions are non-uniform. This information will enable identification of genomic regions with important functions. Correlation analysis will ease the understanding of the causes and consequences of A x C and G x T distribution anticorrelations, which were discovered in our laboratory, and of strong C and G clustering. We will also carry out con-elation analysis of dinucleotide distributions in order to identify the causes of universal TA dinucleotide deficiency in the genomes and strong dependence of the CG dinucleotide correlations and variations on the parent organism. Mutual co (en) V tomto projektu navrhujeme vytvořit software pro analýzu variací a korelací rozložení nukleotidů a oligonukleotidů v genomech. Tento software chceme aplikovat na genom Caenorhabditis elegans. Analýzy variací odliší málo informativní oligonukleotidy, jejichž rozložení se příliš neliší od rozložení v náhodných posloupnostech od těch, které jsou rozloženy nerovnoměrně. Tyto informace umožní identifikovat funkčně významné oblasti v genomech. Analýza kolerací pomůže lépe pochopit příčiny a důsledky v našlaboratoři objevené antikorelace v rozložení A a C a G a T v genomech a dále silné shlukování C s G. Také provedeme analýzu korelací rozložení dinukleotidů s cílem zjistit příčiny univerzální definice nukleotidu TA v genomech a silné závislosti variací akorelací dinukleotidu CG v genomech na tom, ze kterého organizmu pochází. Vzájemné porovnání korelací a variací v molekulách DNA šesti chromozómů tvořících genom C. elegans přispěje k pochopení jejich funkčních a evolučních souvislostí.
Title	Correlations and variations of nucleotide and short oligonucleotide distributions in the genome of Caenorhabditis elegans (en) korelace a variace rozložení nukleotidů a krátkých oligonukleotidů v genomu Caenorhabditis elegans
skos:notation	GA204/00/D012
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F00%2FD012/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F00%2FD012/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2003-04-01 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	750872
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Neuvedeno. (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	1 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	1 (xsd:int)
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2002
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2002
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02002GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUS
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EI - Biotechnologie a bionika JC - Počítačový hardware a software
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Projekt b yl předčasně ukončen na žádost řešitele (dlouhodobý zahraniční pobyt). Závěrečná karta projektu je v souladu se závěrečnou zprávou. Získané výsledky jsou adekvátní době řešení projektu (1 rok a 4 měsíce). Výstupem projektu je přiložený rukopis (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBS
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F00%2FD012/2000/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F00%2FD012/2001/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F00%2FD012/2002/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 118 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software