Phlogenzym je obvykle dobře snášen, ani při dlouhodobém podávání vysokých dávek nebyly ve většině případů pozorovány nežádoucí účinky. Ojediněle se může objevit nevýrazná změna konzistence, barvy a zápachu stolice. Vzácnými nežádoucími účinky jsou: bolest hlavy, pocity hladu a zvýšená potivost. Při užívání vyšších jednorázových dávek byly pozorovány pocity plnosti, nadýmání, ojediněle nevolnost. Těmto pocitům se dá zamezit rozdělením celkové dávky v průběhu dne. Zřídka se objevující alergické reakce (kožní vyrážka) odeznívají po vysazení léku.
(cs)