About: Struktura a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Struktura a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz:8890 associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA13-24880S
Description	Nuclear magnetic resonance (NMR) is one of the most frequently applied, efficient and universal analytical method for providing structural information including intermolecular interactions. In this project, we propose to study the structure and properties of the modified components of nucleic acids (MCNA), i.e. modified nucleobases, nucleosides and nucleotides, by means of experimental NMR (high-resolution liquid NMR and solid-state NMR), calculation of the NMR parameters (nuclear shielding constants and coupling constants both for isolated molecules and for crystals) and molecular modeling. More specifically, we propose to study a) MCNA protonation-deprotonation and tautomerism, b) internal dynamics of nucleic acid bases, and c) the conformation of MCNA sugar part. In experimental NMR work, we would like to lay stress on dynamically growing areas such as NMR crystallography or application of residual dipolar couplings (RDCs) to small molecules. (en) Nukleární magnetická rezonance (NMR) je jednou z nejpoužívanějších, nejefektivnějších a nejuniverzálnějších analytických metod při získávání strukturních informací včetně intermolekulárních interakcí. V tomto projektu navrhujeme studovat strukturu a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin (MCNA), tj. modifikovaných bází nukleových kyselin, nukleosidů a nukleotidů pomocí experimentální NMR (NMR s vysokým rozlišením v kapalné a pevné fázi), výpočtu NMR parametrů (jaderné stínící konstanty a interakční konstanty jak pro izolované molekuly tak pro krystaly) a molekulového modelování. Konkrétně navrhujeme studovat a) protonaci-deprotonaci a tautomerii MCNA, b) vnitřní dynamiku bází nukleových kyselin, a c) konformaci cukerné části MCNA. V experimentální NMR bychom se rádi zaměřili na dynamicky se rozvíjející oblasti, jako je NMR krystalografie nebo aplikace zbytkových dipolárních kaplinků (RDC) pro malé molekuly.
Title	Struktura a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin Structure and Properties of Modified Components of Nucleic Acids (en)
skos:notation	GA13-24880S
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA13-24880S/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA13-24880S/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-23 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100770725
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CB - Analytická chemie, separace
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	NMR spectroscopy, NMR crystallography, calculation of NMR parameters, molecular modeling, modified nucleosides, tautomerism, base-pairing, conformation (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	11 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	11 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-03-31 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/13-24880S
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA0201300005
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2015-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CC - Organická chemie CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2013-02-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBK
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	NMR spectroscopy NMR crystallography base-pairing calculation of NMR parameters modified nucleosides molecular modeling tautomerism
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Dynamics of water molecules and sodium ions in solid hydrates of nucleotides A new class of phosphanucleosides containing a 3-hydroxy-1- hydroxymethylphospholane 1-oxide ring A Switchable Intramolecular Hydrogen Bond in Polysubstituted 5-Nitrosopyrimidines Conformational Sampling by Ab Initio Molecular Dynamics Simulations Improves NMR Chemical Shift Predictions Inhibition of human thymidine phosphorylase by conformationally constrained pyrimidine nucleoside phosphonic acids and their %22open-structure%22 isosteres Separation of planar rotamers through intramolecular hydrogen bonding in polysubstituted 5-nitrosopyrimidines Resolution of Organic Polymorphic Crystals by Raman Spectroscopy NMR Studies of Purines Pyrrolidine nucleotide analogs with a tunable conformation Conformationally constrained nucleoside phosphonic acids - potent inhibitors of human mitochondrial and cytosolic 5'(3')-nucleotidases Determination of the configuration in six-membered saturated heterocycles (N, P, S, Se) and their oxidation products using experimental and calculated NMR chemical shifts
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA13-24880S/2013/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA13-24880S/2014/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA13-24880S/2015/ico%3A61388963

Faceted Search & Find service v1.16.121 as of Mar 31 2025

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Mar 31 2025, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 44 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software