About: %22Expressed Sequence Tags%22 in oxymonads – multigene phylogenetic analysis of eukaryotes and study of the importance of lateral gene transfer in the evolution of protists

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: %22Expressed Sequence Tags%22 in oxymonads – multigene phylogenetic analysis of eukaryotes and study of the importance of lateral gene transfer in the evolution of protists Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz:8890 associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=KJB501110801
Description	Express Sequence Tag (EST) sequencing is a popular for studies of protists, as it allows fast generation large amount of genetic data. The approach is based on the construction of a DNA library and the sequencing of ca 10-20 thousand random clones. We have already a high quality cDNA library of an oxymonad – one of the least studied groups of eukaryotes – and our international collaborators have sequenced 3000 ESTs as a pilot. The aim of the project is to sequence an additional 5000 ESTs to fully utilize the gene-discovery potential of this library. These data will serve as an excellent base for subsequent projects in our laboratory, and will create a firm ground for collaboration as well as for the genome sequencing proposal. The first projects based on these data will be 1) inference of the phylogenetic position of oxymonads using more than 100 genes 2) screening for genes that have experienced lateral gene transfer in the oxymonad lineage using software developed during the project. (en) Sekvenace %22Expressed Sequence Tags%22 (EST) je velmi využívaná pro studium prvoků, protože dovoluje rychle získat velké množství genetických dat. Spočívá v konstrukci cDNA knihovny a sekvenaci obvykle 10-20ti tisíc náhodně vybraných klonů. Máme k dispozici kvalitní cDNA knihovnu z oxymonády – bičíkovce, patřícího k nejméně studovaným eukaryotickým organismům. Ve spolupráci se zahraničními laboratořemi jsme již pilotně osekvenovali 3000 EST. Cílem projektu je osekvenovat dalších asi 5000 EST a plně tak využít potenciálu knihovny. Tato data poskytnou naší začínající laboratoři výborný materiál pro následné projekty a pevný základ pro zahraniční i domácí spolupráci i pro zamýšlený návrh na sekvenaci genomu. Prvními projekty založenými na EST datech budou: 1) Určení postavení oxymonád na fylogenetickém stromu eukaryot pomocí analýzy sta a více genů; 2) vyhledávání genů, které prodělaly v linii vedoucí k oxymonádám horizontální přenos pomocí softwaru, který vyvineme v průběhu projektu.
Title	%22Expressed Sequence Tags%22 in oxymonads – multigene phylogenetic analysis of eukaryotes and study of the importance of lateral gene transfer in the evolution of protists (en) %22Expressed Sequence Tags%22 u oxymonád - multigenová fylogenetická analýza eukaryot a studium významu horizontálního genového přenosu v evoluci prvoků
skos:notation	KJB501110801
http://linked.open...avai/cep/aktivita	The research grant projects for juniors
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB501110801/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB501110801/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2011-06-14 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	82504632
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	EST; oxymmonads; phylogenetics; bioinformatics; eukaryotic evolution; lateral gene transfer; protozoa; protists; software (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Přírodovědecká fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	1 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	1 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2010-03-09 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/KJB501110801
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2010
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2011
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02008-B
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2010-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	IN - Informatika EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2008-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Bylo osekvenováno 349 tis. čtení transkriptomu Monocercomonoides. Byla vytvořena sada skriptů schopných utřídit geny do ortologních skupin a rekonstruovat jejich fylogenezi. Multigenovou analýzou se podařilo určit fylogenetické postavení oxymonád. (cs) 349 reads of Monocercomonoides transcriptome were sequenced. A set of python scrips for sorting genes to othologous groups and reconstructing their phylogeny was created. Phylogenetic position of oxymonads was established using multi-gene analysis. (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	EST bioinformatics eukaryotic evolution protists lateral gene transfer oxymmonads phylogenetics protozoa
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB501110801/2008/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB501110801/2009/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB501110801/2010/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB501110801/2011/orjk%3A11310

Faceted Search & Find service v1.16.121 as of Mar 31 2025

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Mar 31 2025, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 39 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software