About: In vivo inkorporace fluorescenčních aminokyselin a ab initio modelování proteinů; univerzální nástroje pro zjištění topologie membránových proteinů.

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: In vivo inkorporace fluorescenčních aminokyselin a ab initio modelování proteinů; univerzální nástroje pro zjištění topologie membránových proteinů. Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz:8890 associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GPP207/12/P890
Description	Adenylate cyclase toxin (CyaA), a key virulence factor of bacterium Bordetella pertussis, is a single polypeptide of 1706 residues. This toxin attacks preferentially cells bearing integrin receptor CD11b/CD18 where CyaA binds to the membrane and delivers its enzymatic (AC) domain into the cytoplasm where it produces large amounts of cAMP. The transmebrane domain (TM) of CyaA between residues 490-720 is responsible for CyaA binding to the membranes and formation of cation selective pore. At least two amphipatic helices (502-522 and 565-591) predicted within TM are crucial for both pore formation and for AC domain translocation. Although the TM is essential for the toxin activities its structure is unknown. The goal of this study is finding the membrane topology of this domain. For this purpose we will use in vivo incorporation of the fluorescent aminoacids sensitive to the environment together with the time resolved spectrofluorometry. The role of individual transmembrane helices will be tested on the single molecular level using electrochemical measurements on black lipid membranes. (en) Adenylátcyklázový toxin (CyaA), klíčový virulenční faktor bakterie Bordetella pertussis, je protein o délce 1706 aminokyselin. CyaA napadá převážně myeloidní buňky nesoucí na svém povrchu receptor CD11b/CD18, kde se zabudovává do membrán a translokuje do cytosolu enzymatickou (AC) doménu zodpovědnou za tvorbu cAMP. Hydrofobní transmembránová doména (TM) toxinu mezi zbytky 490-720 je zodpovědná za vazbu CyaA do membrán a tvorbu kationt selektivních kanálů. Alespoň dva amfipatické helixy (502-522 a 565-591) predikované v TM jsou zásadní nejen pro tvorbu pórů ale zároveň pro translokaci AC domény. Ačkoli je TM klíčová pro funkci CyaA, její uspořádání je stále nejasné. Cílem této studie je nalezení membránové topologie TM. K tomuto účelu využijeme in vivo inkorporaci fluorescenčních aminokyselin citlivých ke svému okolí spolu s časově rozlišenou fluorescenční spektroskopií. Úloha jednotlivých transmembránových helixů bude rovněž studována na úrovni jednotlivých molekul elektrochemickými metodami založenými na planárních lipidových membránách.
Title	In vivo inkorporace fluorescenčních aminokyselin a ab initio modelování proteinů; univerzální nástroje pro zjištění topologie membránových proteinů. In vivo incorporation of fluorescent amino acids and ab initio protein modelling: versatile tools for determination of membrane protein topology. (en)
skos:notation	GPP207/12/P890
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Post-graduate (doctorate) grants
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GPP207%2F12%2FP890/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GPP207%2F12%2FP890/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-05-22 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	101099973
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	membrane topology fluorescence spectroscopy ab initio protein structure Bordetella pertussis adenylate cyclase toxin planar lipid membranes macrophages membrane channel (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Přírodovědecká fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	5 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	5 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-03-31 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P207-12-P890
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2014
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02011GA1PD
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2014-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2012-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Hodnocení projektu je kritické k vykazovaným publikačním výstupům v rámci řešení projektu. Tyto výstupy často nesouvisejí s řešením projektu a některé z nich vznikly evidentně před jeho zahájením. Ačkoliv závěrečná zpráva koresponduje s vytýčeným plánem řešení, z uvedených publikačních výstupů, kde navíc řešitel není nikdy hlavní autorem, je jen těžko odhadnutelné splnění kladených cílů. (cs) Project evaluation is critical to publication outputs declared within the project. These outputs does not correspond to aim of the project and some of them were finalized evidently before the start of the project. It is not possible to distnguish from the declared papers, in which the auhor is not main/corresponding author, if the goals were achieved. (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP207%2F12%2FP890/2015/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP207%2F12%2FP890/2012/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP207%2F12%2FP890/2013/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP207%2F12%2FP890/2014/orjk%3A11310

Faceted Search & Find service v1.16.121 as of Mar 31 2025

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Mar 31 2025, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 39 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software