Quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) is becoming a widely used tool for a variety of analytical and diagnostic applications based on amplification of DNA (or cDNA) fragments. However, qPCR has its limitations, especially when difficult-to-amplify templates are used (e.g. GC-rich DNA templates of >800 base pairs or using DNA templates in whole blood or other samples containing DNA inhibitors). This project aims to develop new qPCR reagents for qPCR amplification of difficult templates. The major approach will be systematic analysis of the qPCR performance of qPCR mixes and selection of optimal DNA-binding dyes suitable for qPCR. An important part of the project will be screening of Taq DNA polymerase mutants with new properties. These new qPCR mixes will be optimized for excellent performance under demanding conditions. (en)
"Kvantitativní polymerázová řetězcová reakce v reálném čase (qPCR) nabývá stále širšího uplatnění pro řadu analytických a diagnostických aplikací založených na amplifikaci DNA (nebo cDNA) fragmentů. qPCR má však své limitace, zvláště při amplifikaci obtížných templátů (např. GC bohaté fragmenty DNA o velikosti >800 párů bazí nebo použití DNA templátu z celé krve nebo dalších vzorků obsahujících inhibitory PCR). Cílem tohoto projektu je vyvinout nové generace přípravků pro amplifikaci ""obtížných"" DNA templátů. Důležitým experimentálním přístupem bude systematická analýza účinnosti qPCR směsí a výběr optimálních DNA vazebných barviv vhodných pro qPCR. Významnou součástí projektu bude příprava a výběr mutant Taq DNA polymerázy s novými vlastnostmi vhodnými pro analýzu obtížně amplifikovatelných fragmentů DNA. Tyto nové reakční směsi budou dále optimalizovány pro účinnou amplifikaci za náročných podmínek." (cs)